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ROSE-X:用于评价3D植物器官宰割步骤的注解数据集

ROSE-X:用于评价3D植物器官宰割步骤的注解数据集

【概要描述】作者提供了11种蔷薇属植物的带注解3D数据集,用于器官宰割步骤的训练和评估 ;够惚嘶卟街璧囊/茎宰割了局,这些了局有待改进 。该数据集与基线了局一路,有可能成为未来植物自动表型钻研的沉要资源 。

ROSE-X:用于评价3D植物器官宰割步骤的注解数据集

【概要描述】作者提供了11种蔷薇属植物的带注解3D数据集,用于器官宰割步骤的训练和评估 ;够惚嘶卟街璧囊/茎宰割了局,这些了局有待改进 。该数据集与基线了局一路,有可能成为未来植物自动表型钻研的沉要资源 。

  • 分类:行业动态
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  • 颁布功夫:2020-03-05 14:55
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注解数据集的产生和可用性对于自动化表型分析步骤的训练和评估是必不成少的 。由于基于3D视觉的表型分析技术的进取以及难以齐全注解复杂的3D植物结构,对拥有器官级象征的真实植物的齐全3D模型的需要越发显著 。

本文介绍了用X射线断层成像技术获得的11个带注解的真实蔷薇属植物3D模型的ROSE-X数据集 。手动执行注解,以便以器官标签的大局为与植物茎相对应的体素提供地面真实数据 。此数据集既可作为执行器官级宰割的监督进建步骤的训练数据,也可作为评估其机能的基准 。数据集中的rosebush模型拥有高质量和复杂的结构,器官之间经O嗷コ恋交叉对现有的植物器官宰割步骤提出了挑战 。作者汇报了使用四种基线步骤获得的叶/茎宰割了局 。通过使用随机丛林分类器训练部门特点的体积步骤可获得最佳机能,叶子和茎类的结合订交(IoU)值别离为97.93%和86.23% 。

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数据集中的rosebush模型示例 。对原始的X射线体积进行阈值处置和掩码处置,得到如图a所示的实体部门 。体积中的每个别素被注解为叶、茎、花、盆或标签,以获得如b所示的地面真实宰割 。c中,只显示了植物地上部门,不蕴含花盆和标签 。d中显示了只与茎类对应的体素 。

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通过基线步骤预测的玫瑰花灌木样本的叶和茎标签 。

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通过基线步骤预测的玫瑰花灌木样本的茎标签 。

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红色椭圆凸起显示的基线步骤的谬误预测示例 。

作者提供了11种蔷薇属植物的带注解3D数据集,用于器官宰割步骤的训练和评估 ;够惚嘶卟街璧囊/茎宰割了局,这些了局有待改进 。该数据集与基线了局一路,有可能成为未来植物自动表型钻研的沉要资源 。

起源:Plant Methods.ROSE-X: an annotated data set for evaluation of 3D plant organ segmentation methods.Helin Dutagaci, Pejman Rasti, Gilles Galopin & David Rousseau.https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-020-00573-w

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