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2018国际植物表型网络(IPPN)年度汇报

2018国际植物表型网络(IPPN)年度汇报

【概要描述】国际植物表型网络(IPPN)近期颁布的2018年度汇报 ,现对其进行翻译整顿与宽大植物表型专家学者分享。

2018国际植物表型网络(IPPN)年度汇报

【概要描述】国际植物表型网络(IPPN)近期颁布的2018年度汇报 ,现对其进行翻译整顿与宽大植物表型专家学者分享。

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  • 颁布功夫:2018-09-30 14:57
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201892816058237国际植物表型网络(International Plant Phenotyping Network,IPPN)近期颁布的2018年度汇报 ,现对其进行翻译整顿与宽大植物表型专家学者分享。

 

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提要

IPPN旨在推进全球领域内沉要植物表型中心之间的会商互换 ,并与来自学术界和工业界的表型科学家 ,用户和技术开发人员进行会商。自上次会员大会以来重要活动蕴含:

1、组织第五届国际植物表型钻研会(5th International Plant Phenotyping Symposium,5th IPPS) ,将在澳大利亚阿德莱德进行。 IPPN近年来组织了一系列国际植物表型钻研会(Canberra 2009 ,Jülich2011 ,Chennai 2014 ,CIMMYT 2016)。 2016年在CIMMYT组织的第四届IPPS是IPPN作为非投机性协会正式成立之后的第一次(2015年12月)。即将在阿德莱德进行的第五届IPPS是第一个欢迎工业界成员参与的IPPN钻研会。

2、扩大会员规模。自此 ,IPPN e.V.已经成为整合植物表型活动的沉要主题 ,从2015年11月成立以来 ,机组成员从17个增长到30个。
3、2018年8月 ,IPPN新的蕴含工业界会员的行业律例得到了司法机构的正式认可。IPPN此刻能扩大其成员基础 ,吸收来自工业界的沉要合作同伴 ,这将更积极的推进植物表型圈内的工业界和学术界的互换合作。
4、成立和运行专题工作组。IPPN成员成立了根基的工作组主题。目前有五个工作组在发展有关科研与业务活动 ,还有两个在筹备中。
5、扩大传布活动。IPPN网站在成为植物表型群落的沉要信息平台 ,例如 ,占有表型设施的数据库此刻涵盖了超过70个全球表型设备。 为了进一步传布和推进植物表型活动 ,IPPN此刻有一个Twitter账号和一个YouTube频路 ,能够旁观会议汇报视频。
6、扩大IPPN会员。目前 ,IPPN正致力于扩大其会员资格 ,并批改现行律例 ,下一步可能推进工业界代表进入表型行业学术圈互换。

 

Ⅰ. 2018 IPPN重要活动

1.1国际植物表型钻研会(IPPS)和表型会议

 

1.1.1基于第五届IPPS的特刊

与第五届IPPS有关的植物表型论文特刊将在《Frontiers of Plant Sciences》上颁发。

 

1.1.2  阿德莱德钻研会

IPPN在阿德莱德大学和澳大利亚国度植物表型设施(APPF)的同事们与IPPN办公室合作 ,将于2018年10月组织第五届IPPS。IPPN办公室向阿德莱德的所有人暗示感激 ,他们使钻研会成为可能。

 

1.1.3“IPPN留想树”

IPPN将在每届IPPS会议进行地种植一颗留想树 ,并成立一个网站来展示这些留想树的成长过程图。第一课留想树已经种植在尤利希。图片会自动纪录下来并展示在网站上(https://www.plant-phenotyping.org/tree) ,其他地域的种植在进行中。

 

1.2会员

1.2.1新成员

新的IPPN章程已经获得司法机构的核准 ,IPPN欢迎来自学术界和工业界的新成员候选人:

1、学术界:Arvalis ,Scion Research
2、工业界:PhenoTrait ,KeyGene ,KWS ,Biogemma ,Seasol International PTY LTD

下一步:已约请来自工业界的其他成员参与IPPN ,我们进展很快收到进一步的申请。下一步将是在IPPN内成立工业届部门(Industry Section),并在所有合作同伴之间成立强有力的互动。

明年的另一个指标是增长尚未占有的IPPN成员国度的会员数量 ,出格是来自觉展中国度的会员。2016年墨西哥大会会议已经核准 ,发展中国度的会员削减到500欧元。

 

1.3支持工作组

工作组(Working Groups)造订年度打算 ,并可在理事会核准后组织提议的所有活动。IPPN办公室会为工作无组织的部门会议提供行政支持 ,蕴含向邮件列表发送通知、跟踪活动以及要求业务打算和预算等。

 

1.4对青年钻研人员提供观光补助

IPPN理事会决定支持青年钻研人员(earlycareer scientists)获得观光补助金 ,以参与阿德莱德的第五届IPPS。共收到了11份申请 ,理事会成员从当选择了5位钻研人员获得2000欧元的观光补助金 ,他们是

1、Pearl Abu, West Africa Centre for Crop Improvement, University ofGhana
2、Clayton Carley, Iowa State University
3、Dr. Carson M. Andorf, United States Department of Agriculture-AgriculturalResearch Service
4、Nathália Penna Cruzato, Texas A&M University
5、Dorien Vanhees, University of Nottingham

 

根系工作组对其资金进行了充分利用 ,也选择支持青年钻研人员 ,为2018年7月在以色列进行的第10届国际根系钻研大会提供了观光补助金 ,他们是:

1、Olivia Cousins, University of Adelaide and University of Nottingham
2、Dr. Benjamin Delory, Leuphana University
3、Emily Marr, Christ’s College, Cambridge
4、Dr. Oluwaseyi Shorinola, John Innes Center
5、Xinyu Wang, Key Laboratory of Vegetation Ecology, Northeast NormalUniversity

 

成像工作组组织了IPPN支持的CVPPPworkshop ,并提供了赞助给:

1、最佳墙报奖: Low-cost image annotation for supervised machine learning.Application to the detection of weeds in dense culture. Salma Samiei, AliAhmad, Pejman Rasti, Etienne Belin, David Rousseau
2、最佳汇报奖:Leaf counting: Multiple scale regression and detection using deepCNNs. Yotam Itzhaky, Guy Farjon, Faina Khoroshevsky, Alon Shpigler, AharonBar-Hillel

 

下一步:IPPN打算让更多的青年钻研人员参加到IPPN组织的workshop中。

 

 

1.5互换

1.5.1网站更新

IPPN网站不休扩大:

1、成立了IPPN网站上的活动和新闻页面。 激励所有IPPN成员向IPPN办公室发送新闻和事务 ,并与整个社分辨享 ;
2、通过IPPN邮件列表发送了一些工作机遇 ;
3、平台数据库蕴含来自全球各地的70多个表型装置的描述; 在沉新配置数据库的职能 ,以便成员能够编纂自己的平台列表 ;
4、增长了内联网 ,增长了IPPN内部文件 ;
5、提供会议注册和提要治理工具 ,以支持组织工作组活动和未来IPPS活动的会议 ;
6、专家数据库即将实现 ,以使IPPN成员可能描述他们的活动和简介。

 

1.5.2社交媒体和互联网

为了援手向更宽泛的受多传布IPPN的信息并分享IPPN会员的活动 ,我们成立了一个Twitter帐户。

为了分享IPPN活动中的学术汇报 ,IPPN成立了YouTube频路。 您能够在频路上找到钻研会和学术会议的汇报视频。

Twitter:https://twitter.com/I_P_P_N

YouTube:https://www.youtube.com/channel/UC7uUa8CGxCuGCgT4YVUffwQ

 

1.6IPPN的治理

IPPN的日常财政工作通过DATEV系统进行治理 ,以实现专用和安全的管帐工作。它衔接到IPPN银行账户 ,能够跟踪账单和发票以及会员费。该系统也可由IPPN保留的司法和管帐公司远程接见。这家公司NS+P(位于德国亚。┮仓卫砹擞泄匦碌脑毯ひ到缁嵩甭衫乃痉ㄎ侍。

在春季和夏季进行了专门的理事会会议 ,以协调IPPN办公室与理事会的活动 ,并会商阿德莱德钻研会的规划。

 

Ⅱ. 2019年IPPN办公室活动打算

IPPN办公室估计 ,在2019年最多可有15名新成员登记。这些新成员中的大无数来自工业界 ,还有一些来自学术界和发展中国度。

2019年IPPN办公室拟定指标:

1、持续支持既定工作组并加强最近启动的工作组 ;将新成员纳入工作组的活动。
2、成立新的工作组:我们但愿启动新的工作组 ,现有的工作组将推进其活动 ,以便在2019年底之前发展约莫8到10个专门的工作组活动 ,并得到IPPN治理办公室的支持。
3、发展培训活动——梦想的实际操作。IPPN将与工作组亲昵互动 ,专门推进培训活动的发展。这些活动应针对引入和招募更多年轻钻研人员进行植物表型分析 ,确定培训需要 ,并发现若何满足不休增长的需要。
4、持续支持青年钻研人员。与去年一样 ,IPPN将进一步为青年钻研人员提供观光补助金 ,使他们可能在IPPN活动中展示他们的工作。
5、激励与工业界的联系。为了利用工业界会员的优势 ,IPPN还将投入各类活动 ,索求专门用于激励和支持工业界-学术界互动的钻研会的机遇。
6、改善新兴国度的成员资格。来自觉展中国度的成员数量很少 ,IPPN但愿发展吸引蕴含发展中国度成员的活动 ,以扩大植物表型合作同伴关系。
7、加强与植物表型有关的国度、区域和国际打算的互动 ,以及与幼麦建议(Wheat Initiative)等有关作物打算的互动。
8、进一步推进互换。 IPPN将推进网站之表的沟通 ,网络有关信息并与社区共享。

 

IPPN办公室的发展

若是工业界会员数量显着增长 ,则有机遇进一步加强IPPN办公室的工作模式。沉要的一步是雇用一名拥有科学布景的全职人员以支持理事会的工作 ,推动新的发展 ,推进工作组的活动 ,以及由于成员的增长和互动而处置增长的行政工作 ,评估和成立培训活动 ,造订蕴含发展中国度的成员的发展战术。这将由理事会凭据收入和预算来进行评估。

 

Ⅲ. 工作组

3.1低成本表型技术钻研幼组

指标:本工作组侧沉于低成本和便捷的表型技术 ,以加强传布现代表型的概想和步骤。应该解决更宽泛的植物科学和滋生群体直接获取和使用现代表型装置和概想的需要 ,以满足表型技术多样化需要。

 

2018年活动

1、在阿德雷德会议上组织一个卫星会议http://www.ipps2018.com.au/agenda

 

2019年打算

1、在墨西哥第4届IPPS会议特刊(ReynoldsD et al, 2018, Journal of Plant Science)之表 ,打算于2019年撰写一篇论文介绍低成本步骤的新兴需要和示例利用。这依然是明年工作组的重要工作内容。

 

3.2表型影像工作组

指标:工作幼组的主张是通过为开发者和用户提供一个会商新出现的挑战、步骤、技术和利用的论坛 ,来推动基于图像的植物表型的步骤钻研。通过设立这个工作组 ,国际社会将有一个在项目之表进行互动的平台 ,这通常只持续几年。

 

2018年活动

1、成像工作组组织了一系列涵盖有关主题的在线网络钻研会。这些网络钻研会增长了网络和信息共享 ;嵩蹦芄慌怨酃首业南殖』惚 ,提出问题 ,并通过音频和文字谈天工具会商问题。2018年 ,成像工作组组织了三次网络钻研会:

-2018年6月:Deep Learning Approaches for Image Segmentation and Object Countingin Plant Phenotyping by Ian Stavness

-2018年4月:The de.NBI/ELIXIR Service "PGP" for Phenomics DataPublication by Daniel Arend

-2018年2月:Quantifying Variation of Crop Resilience Under Temperature Stress byMalia Gehan

2、成像工作组打算在未来发展更多网络钻研会 ,涵盖有关主题 ,旨在阐扬领导作用 ,增长网络和信息共享。
3、工作组在BMVC进行了IPPN支持的钻研会 ,共有7个口头汇报 ,17个海报和主题演讲(“Image-based structural plantphenomics, and why we’re asking the wrong questions” ,Antonvan den Hengel)。有关论文在https://www.plant-phenotyping.org/CVPPP2018-programme
4、成像工作组将在第5届IPPS上组织一个分会场

 

2019年打算

1、将组织更多的网络钻研会

 

3.3根系表型工作组

主张:IPPN内的根系表型工作组旨在成为一个论坛 ,以确定根系表型钻研的科学和技术天堑 ,推动根系表型分析 ,加快应对全球农业和环境挑战的使用。

 

2018年活动

为了支持青年钻研人员 ,根系工作组再次向参与在美国密苏里州进行的IPG根生物学会议的三位获焦剡提供观光补助金。他们是

1、Dr. Shirley Nichols fromAgResearch in New Zealand,
2、Dr. Mina Rostamza from the University of Purdue, a
3、Ms. Hannah Schneider from PennState University (with FZJ)

这三位获焦剡均在密苏里会议上展示了墙报。

同时 ,根系工作组正式约请Noble钻研所的Larry York参与根系工作组委员会。

 

2019年打算

1、在第5届IPPS会议上 ,根系工作组和APPF一路将组织实地调查。
2、根系表型钻研会:美国俄克拉荷马州阿德莫尔的Noble钻研所提出在2019年3月至6月期间进行一个钻研会。钻研会将蕴含学术汇报和现场实际 8母当硇头治鲈毯“bluepaper”法 ,根盒 ,根冠表型 ,土柱取样 ,洗涤 ,扫描等。我们将尝试解决跨尝试室扩大的步骤 ,从affordable到昂贵。尝试重新到尾亲自着手。蕴含一些图像分析和统计分析。
3、白皮书:工作组在编写一份白皮书‘How to get FAIR principles of data management into practice?’ ,并与赞助机构、全球钻研组织(如CGIAR)和其他利益有关方进行沟通。

 

3.4种子表型工作组(SPWG)

主张:种子表型工作组的重要指标蕴含

1)为IPPN会议提供建设性的定见 ,并论述利用新技术发展种子库和创新农业的益处 ;

2)在表型数据方面推进种子库的数据共享和互换 ,互用性 ,数据使用 ,数据分析和最佳实际 ;

3)通过合作、提倡、钻延注开发和执行多学科的资源和机遇 ,成立一个植物表型支柱模型。

 

2018年活动

1、种子表型工作组在第5届IPPS上组织一个分会。ㄔ毯酃獠怪穑
2、已与国际种子测试协会(ISTA)成立联系 ,以确定对种子表型感兴致的合作。进行了两次电话会议和一次与ISTA总干事的f2f会议。
3、在进行与DivSEEK种子表型工作组的会商和互动
4、11月 ,打算与全球作物多样性信任基金会晤互换。

 

2019年打算

1、持续发展战术联盟和同伴关系 ,以推进种子表型分析 ,并通过结合钻研和学术出版实现技术进取的更大影响。
2、将铺排工作组会议——最有可能是在战术同伴关系的布景下

 

3.5国际受控环境植物表型组(ICEPPG)

主张:ICEPPG专一于评估在明确的尝试前提下仿照各类此刻和未来气象情景的植物机能特点 ,旨在将扩学科的钻研人员(植物遗传学家 ,(生态)生理学家 ,发育生物学家 ,农学家 ,气象钻研人员 ,泥土科学家 ,生物信息学家和生物学家以及传感器技术开发人员)荟萃在一路在受控环境中运行可能仿照分歧环境的表型设施(平台) ,共同建模植物发育和生理过程和气象变动的关系。

 

2018年活动

1、将在第5届IPPS会议上组织一个卫星会议

 

2019年打算

1、待定

 

3.6 IPPN数据治理工作组(IDaM)

主张:进行中

活动:进行中

 

3.7 植物表型技术工作组

主张:进行中

活动:进行中

2018年打算:在第5届IPPS上启动工作组 ,并设定工作组指标。

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